生物医药产业是南京八大新兴产业之一。目前，全市拥有药品生产企业70家，医疗器械生产企业225家，以创新药为主的产业发展模式已初步显现，形成了“一谷两基地”的产业发展布局，呈现研发、生产、销售共同推进的局面。拥有近40家从事生物医药研发的高校和科研院所，建有8个国家医药产业重点开发平台，18个省级医药产业重点开发平台。南京是全国培养生物医药专业人才最多的城市之一。南京的新药研发总体水平，在北京、上海之后，位列全国第三。拥有一批核心竟争力强的成长型企业集群，先声药业、金陵药业、奥赛康医药、健友生物制药、绿叶思科、海陵药业、白敬宇制药、正大天晴等企业集群式增长已初步形成。2011年，全市生物医药产业完成主营业务收入510亿元，增长40%。